Guía visual de OJS 3

Integración de XML-JATS Volver al inicio

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Integrar XML-JATS en OJS (Open Journal Systems) es esencial para mejorar la interoperabilidad y la visibilidad de las publicaciones científicas. En esta sección, explicaremos cómo implementar JATS en el flujo editorial de OJS 3, desde la conversión y marcación de los artículos hasta la creación de galeradas. Utilizaremos herramientas como el plugin Texture y seguiremos las mejores prácticas para garantizar su indexación.

XML-JATS (Journal Article Tag Suite) es un estándar utilizado en la publicación académica para estructurar y almacenar artículos científicos de manera que sean fácilmente accesibles y compatibles con diferentes sistemas. Esta interoperabilidad entre plataformas facilita que los contenidos puedan integrarse en repositorios digitales, buscadores especializados y bases de datos científicas.

El uso de XML-JATS ofrece numerosos beneficios, como la preservación a largo plazo de los artículos, la posibilidad de reutilizar los datos en diferentes contextos y una mayor visibilidad en el ámbito académico. Además, al seguir un estándar reconocido, se asegura que los artículos cumplan con los requisitos de indexación de las principales bases de datos científicas, presentes y futuras, lo que contribuye a incrementar el impacto de las publicaciones.

Conversión de documentos a XML-JATS

La marcación de XML-JATS requiere trabajar con los elementos de maquetación del artículo. Esto puede lograrse utilizando plataformas y herramientas externas, o directamente en OJS, donde existen dos formas principales de realizar el proceso:

• Realizando una marcación desde cero mediante la integración del editor Texture. Para ello, se puede subir un manuscrito en blanco en las fases Editorial o Producción y proceder a la marcación manual.



• Realizando una conversión preliminar del artículo desde otro formato, como archivos DOCX generados en Microsoft Word, LibreOffice o Google Docs. Esta conversión puede llevarse a cabo utilizando el plugin docxConverter, que genera un archivo XML inicial que luego debe ser revisado y completado en OJS mediante el editor Texture.

Los plugins docxConverter y Texture son actualmente compatibles con las versiones 3.3 de OJS. Recomendamos el uso de la última versión Long Term Service (LTS) de OJS 3.3.

Estructura del XML-JATS

Debemos tener en cuenta que un fichero XML-JATS se divide en tres partes principales:

• Cabecera o front: incluye los metadatos del artículo, tales como el título, la autoría, la fecha de publicación o los datos de la licencia y de la editorial.
• Cuerpo o body: contiene el texto completo del artículo, estructurado y marcado según el estándar XML-JATS.
• Cierre o back: incluye información complementaria, como las referencias bibliográficas o las notas al pie marcadas en XML-JATS.

Conversión desde DOCX

En la fase Editorial o de Producción, es posible convertir un archivo DOCX a XML-JATS con docxConverter siguiendo estos pasos:

1. Localizar el archivo DOCX en la lista de archivos del envío.
2. Hacer clic en el triángulo azul junto al archivo y seleccionar la opción Convertir a JATS XML.
3. Si no se producen errores, el sistema generará un archivo XML que aparecerá en la misma lista de archivos.

La conversión sólo es compatible con ficheros DOCX. Si utilizamos otros formatos como ODT, de OpenOffice o LibreOffice, deberemos expotarlo previamente a DOCX desde el mismo editor e incorporarlo a la lista de archivos de OJS.

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Elementos compatibles con la conversión automática

El plugin docxConverter es capaz de convertir automáticamente los siguientes elementos desde un archivo DOCX:

• Texto enriquecido: negrita, cursiva, superíndices, subíndices...
• Listas: numeradas y con viñetas.
• Tablas: con títulos (caption).
• Figuras: en formatos JPEG y PNG, con títulos (caption).
• Encabezados: serán identificados si se han marcado correctamente en el documento original (por ejemplo, "Título 1" o "Título 2" en Microsoft Word). Podemos añadir este requisito a las normas de estilo o maquetación de nuestra revista.

Vídeo: Preparando nuestro documento DOCX para la conversión. Marcando los títulos en Microsoft Word.

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Elementos no compatibles

• Notas al pie: no se convierten automáticamente y deberán añadirse manualmente en la marcación con el editor Texture.
• Referencias: se convierten como texto plano.
• Fórmulas: es necesario introducirlas manualmente en el editor, o realizar una conversión previa a JPEG o PNG.

Para más detalles sobre el funcionamiento y las limitaciones del plugin, se puede consultar la documentación oficial de docxConverter.

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Revisión posterior

El plugin docxConverter nos ofrece una conversión automática preliminar. Este paso es el punto de partida para llevar a cabo una revisión manual y terminar de etiquetar y completar nuestro XML-JATS. En la siguiente sección se abordará el proceso de marcación y la utilización del editor Texture.

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Marcación JATS

Tras la conversión inicial o la subida de un manuscrito en blanco, es necesario realizar la marcación manual para completar el archivo XML-JATS según los estándares requeridos. OJS incluye la integración del editor Texture, que permite realizar esta tarea de forma sencilla a través de una interfaz visual.

¿Qué es Texture?

Texture es un editor WYSIWYG (What You See Is What You Get) que permite trabajar sobre archivos XML-JATS directamente en el navegador web y de forma integrada a OJS. Sus principales características son:

• Formato de texto: permite aplicar estilos como negrita, cursiva, subíndices, superíndices, entre otros.
• Títulos: organización del contenido en secciones jerárquicas mediante encabezados o títulos.
• Listas: listas numeradas y con viñetas.
• Figuras: posibilidad de añadir imágenes con títulos y leyendas en formato JPEG (JPG) o PNG.
• Tablas: inserción y edición de tablas.
• Notas al pie: integración de notas al pie.
• Referencias.

Pasos para utilizar el editor Texture

Una vez el archivo XML esté disponible en la fase Editorial o Producción, será posible acceder a él posicionándonos sobre el fichero, haciendo clic en el triángulo azul y eligiendo la opción Editar con Texture. Esto abrirá el artículo en el editor:

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Revisión de la conversión automática

Una vez generado el archivo XML mediante docxConverter, es importante revisar el contenido, ya que la conversión automática puede contener errores, tales como etiquetas mal asignadas, espacios sobrantes o elementos estructurales que no se hayan representado correctamente, como encabezados, tablas o figuras.

También es habitual que la primera página incluya datos como el DOI, las fechas de recepción y aceptación, BIBLID, la información de los autores/as, su afiliación o su ORCID. Deberemos revisar que el marcado es correcto en nuestro XML-JATS.

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Títulos y encabezados

Los títulos y encabezados deben etiquetarse correctamente para reflejar la estructura del documento.

Si hemos preparado correctamente nuestro fichero DOCX antes de la conversión, deberían haberse adaptado correctamente. Si necesitamos revisarlo o si estamos marcando un nuevo contenido, deberemos seguir los siguientes pasos:

• Seleccionar el texto correspondiente al título o encabezado.
• Asignar el nivel jerárquico adecuado en la barra superior. Por ejemplo, Título 1 (Heading 1) o Título 2 (Heading 2).
• Verificar que se ha añadido correctamente consultando la barra de navegación a la izquierda del editor. Esto facilitará la navegación entre las secciones mientras editamos.

Vídeo: Asignando títulos en el editor Texture y navegando por secciones.

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Figuras

Las figuras pueden añadirse a través de la opción Insertar (Insert) -> Figura (Figure).

• Las imágenes deben subirse en formatos compatibles, como JPEG o PNG.
• Se debe incluir un título descriptivo y, si es necesario, una leyenda que aporte contexto adicional.
• Para reemplazar una imagen que hayamos subido o que se haya convertido desde docxConverter, es posible utilizar el menú contextual haciendo clic derecho sobre la imagen.
• Para eliminar una figura, haremos clic sobre ella y presionaremos la tecla suprimir del teclado.

Vídeo: Añadiendo una nueva figura con título descriptivo.

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Tablas

Es posible crear nuevas tablas haciendo clic en Insertar (Insert) -> Tabla (Table). El editor generará una tabla básica que podremos modificar.

También es posible convertir tablas mediante docxConverter y editarlas posteriormente.

• Al hacer doble clic sobre una celda, podremos editar directamente su contenido.
• Haciendo clic derecho sobre una celda, accederemos al menú contextual, donde podremos insertar o eliminar filas y columnas.
• Para eliminar una tabla completa, haremos clic sobre el cuadro y presionaremos la tecla suprimir del teclado.
• Es recomendable añadir un título descriptivo a cada tabla.

Vídeo: Añadiendo una nueva tabla con título descriptivo.

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Notas al pie

El plugin docxConverter no es compatible actualmente con las notas al pie, por lo que deberemos incluirlas manualmente en esta fase. El proceso se realiza en dos pasos:

1. Insertar una nueva nota:  Haremos clic en Insertar (Insert) -> Nota al pie (Footnote) y escribiremos o pegaremos el contenido de la nota.


2. Referenciar la nota en el texto:  Nos posicionaremos en el lugar del documento donde queramos añadir la referencia a la nota, haremos clic Insertar (Insert) -> Referencia a nota al pie (Footnote Reference) y seleccionaremos la nota al pie que acabamos de insertar. El texto quedará vinculado a su respectiva nota mediante un hipervínculo.

Para eliminar una nota, haremos clic derecho sobre ella y seleccionaremos Eliminar nota al pie (Remove Footnote). También deberemos eliminar su referencia.

Vídeo: Creando una nota al pie y referenciándola en el texto.

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Referencias y citas

La conversión desde DOCX traslada el contenido de las referencias como texto plano o párrafos sin estructurar dentro del XML.

Las guías de buenas prácticas recomiendan etiquetar cada referencia utilizando los elementos específicos de XML-JATS para garantizar la correcta estructuración, interoperabilidad y reutilización futura de los datos. En el caso de realizarlo así, desde el editor Texture podremos realizar el marcado haciendo clic en Insertar (Insert) -> Referencia (Reference) y siguiendo los siguientes pasos:

• Añadir referencias en bloque: es posible añadir un listado de enlaces DOI separados por espacios (no por comas). El sistema extraerá automáticamente los metadatos asociados a cada DOI. También es compatible con ficheros en formato CSL-JSON (Citation Style Language JSON).


• Añadir referencias manualmente: indicando el tipo de fuente (artículo de revista, libro, capítulo, etc.) y cumplimentando los campos requeridos.


• Las referencias las deberemos introducir en el mismo orden en el que aparecen citadas. Una vez añadidas, cerraremos el cuadro de edición con el botón .


• De manera similar a las notas al pie, es posible citar una referencia bibliográfica en el texto. Para hacerlo, debemos posicionarnos en el lugar del documento donde deseemos insertar la referencia, hacer clic en Insertar (Insert) -> Cita (Citation) y seleccionar la referencia bibliográfica correspondiente.


• Las referencias bibliográficas aparecerán al final de la página, tras las notas al pie. Si hacemos clic derecho sobre alguna de ellas podremos pulsar Editar referencia (Edit reference). Para eliminarlas, haremos clic en Editar referencia, pincharemos en el cuadro de la cita que queramos eliminar y pulsaremos Editar (Edit) -> Eliminar (Remove). También deberemos eliminar sus referencias en el texto.

Vídeo: Añadiendo referencias en bloque (mediante DOI) y manualmente. Editando y eliminando referencias.

Cada referencia se almacena el cierre o back de nuestro JATS, con elementos estructurados tales como el título del artículo, el nombre y apellido(s) de cada autor/a, el volumen, número, año o el DOI. El sistema de cita empleado para la visualización dependerá del editor o el visor que estemos utilizando.

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Guardado, validación y buenas prácticas

Mientras realizamos nuestras modificaciones es recomendable ir guardando los cambios. Cada vez que se guarda, el editor genera una nueva versión del archivo XML.

Imagen: Función de Autoguardado.

Validación y buenas prácticas

Finalmente, es importante que nuestros archivos estén correctamente estructurados, ya que su reutilización e indexación mediante herramientas externas puede verse comprometida si fallan los procesos de validación. Por ello, es recomendable validar nuestros XML para confirmar que cumplen con los estándares del formato JATS.

Sugerimos el uso de validadores como JATS4R Validator, el cual valida documentos XML conforme a los estándares de NISO JATS - JATS DTD - y las recomendaciones de buenas prácticas para la reutilización publicadas por el grupo JATS4R (JATS for Reuse) - JATS4R Schematron -.

Se recomienda realizar el marcado completo del texto, evitando dejar contenido como párrafos o texto plano sin etiquetar. Todos los elementos, como figuras y tablas, deberán incluir al menos un título descriptivo. El contenido de los enlaces debe incluir una descripción, como por ejemplo:

En lugar de:

La cabecera del fichero XML-JATS, que contiene los metadatos de publicación, se genera automáticamente mediante los plugins docxConverter y Texture. No es posible editarla dentro de OJS, únicamente podemos descargar el archivo y modificarlo manualmente. Para validar correctamente esta sección, es necesario generar primero la versión final de la galerada XML-JATS, ya que es el momento en el que Texture toma los metadatos de publicación de OJS. Los pasos para crear la galerada se detallan en la siguiente sección.

Visualización y galeradas

Una vez completada la marcación del archivo XML-JATS, es posible generar galeradas y configurarlas para la visualización del artículo en OJS. Este proceso permite presentar el contenido final junto al PDF y al resto de galeradas, haciéndolo accesible para los lectores/as e indexadores externos.

Generación de galeradas

El plugin Texture facilita la creación de galeradas a partir del archivo XML-JATS. Para ello, seguiremos los siguientes pasos:

1. Acceder al archivo XML desde la fase de Producción.
2. Hacer clic en el triángulo azul junto al archivo y seleccionar la opción "Crear galerada".
3. Asignar una etiqueta y un idioma a la galerada. Estos valores serán visibles en la interfaz de lectura de OJS.
4. Guardar los cambios.
5. Navegar a la sección Galeradas, en la pestaña Publicación, o usar la opción Previsualizar, para verificar que el archivo se haya añadido correctamente.

Imagen: Galeradas suplementarias (figuras) y galerada ZIP añadidos automáticamente.

Visualización de XML-JATS

Además de poder descargar los archivos XML originales, es posible utilizar nuestro XML-JATS ya marcado para generar una visualización del artículo. Uno de los visores más reconocidos es eLife Lens, el cual abre la galerada XML en un visor HTML. Sin embargo, actualmente no se recomienda su uso ya que ha dejado de recibir actualizaciones y presenta limitaciones de compatibilidad con XML-JATS.

En esta guía nos centraremos en JATSParser, un módulo con soporte oficial para OJS que ha recibido más actualizaciones y ofrece una mejor compatibilidad con los diferentes estándares y etiquetas de XML-JATS.

Para ello, una vez creada la galerada XML, accederemos a la pestaña Publicación -> Texto completo -> (Seleccionamos la galerada XML que acabamos de crear) -> Guardar.

Imagen: Asignando la galerada XML como visualización del texto completo.

De esta forma, se incluirá una vista HTML del texto completo en la página del artículo:

JatsParser no da soporte actualmente a la visualización de las referencias y las notas al pie, aunque estén correctamente almacenadas en el fichero XML-JATS. OJS sí que muestra las citas que estén cumplimentadas en la pestaña Publicación -> Citas, en el caso de estar cumplimentadas y activadas en OJS -> Flujo de trabajo -> Envío -> Metadatos -> Citas.

También es posible convertir XML-JATS a otros formatos mediante el uso de herramientas de terceros.

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